Le principal syndicat des agents de l’Anpe, le Syndicat national unitaire (SNU, affilié à la FSU) a publié un communiqué suite à sa rencontre, le 21 septembre 2007, Sophie Boissard, directrice adjointe du cabinet de Christine Lagarde, ministre de l'Économie, des Finances et de l'Emploi. Il est intitulé de manière explicite « le ministère de l'Emploi "gèle" les maisons de l'emploi dans l'attente de la fusion Anpe-Unédic ».
La réunion avec Christine Lagarde faisait suite à la grève des agents Anpe le 29 mars 2007 contre un décret permettant à l'Anpe de créer des filiales. A cette occasion, les syndicats de l'agence se sont exprimés sur ce projet de fusion avec l'Unédic. Le SNU, la CGT, FO et Sud « se sont positionnés contre ». De même que l'Unsa (autonomes), « si le projet du gouvernement ne garantit pas un service public et qu’elle se construit sous domination de l’Unédic ». Selon le SNU, la CFTC et la CFDT ne prennent pas position avant de connaître le projet de Christine Lagarde, tandis que la CGC est pour la fusion.
Toutes les organisations syndicales seront reçues le 1er octobre prochain par Christian Charpy, directeur général de l'Anpe. Le SNU défend l'idée d'un « service public de l’emploi, avec un statut du personnel public et national ». Son conseil national « a décidé de mettre en débat dans le personnel la perspective d’un appel à une grève nationale avec toutes les organisations syndicales qui se prononcent contre ce projet de fusion ». Le SNU entend également rejoindre les « mouvements nationaux qui s’opposent à la destruction de la Fonction Publique. »