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Héritage du premier gouvernement du général de Gaulle, le Commissariat général du Plan été né en janvier 1946, mais ses soixante ans ont été oubliés des cérémonies officielles. Il a été abrogé par un décret du 6 mars 2006 portant création du Centre d'analyse stratégique qui « substitue au Commissariat général du Plan dans tous les textes réglementaires ».
Sophie Boissard, maître des requêtes au Conseil d'Etat, a remplacé Alain Etchegoyen à la tête du Commissariat général au plan le15 novembre 2006. Elle dirigera le Conseil d'analyse stratégique.
Alain Etchegoyen avait protesté contre la décision "brutale, discrétionnaire et improvisée" du Premier ministre et ce qui lui valut selon le journal L'Expansion, un "limogeage express".