L'article 49 de la loi de finances rectificative pour 1993 pose la règle d'une exclusion de principe du bénéfice du Fonds de compensation de la TVA (FCTVA) dès lors que les immobilisations réalisées par les collectivités locales sont mises à disposition d'un tiers non bénéficiaire du fonds. Ainsi, les immobilisations utilisées pour les besoins des services de l’État (comme l’Anpe) sont inéligibles du FCTVA. Par conséquent, si une maison de l'emploi abrite une agence Anpe, une partie des dépenses d'investissement supportées par les collectivités locales ne pourra être compensée. C'est pourquoi Jean-Patrick Courtois , sénateur de Saône-et-Loire (UMP), a demandé au gouvernement dans une question écrite « de bien vouloir lui indiquer quelles dispositions relatives au FCTVA et à l'éligibilité des dépenses d'investissement supportées par les collectivités locales pour la création des maisons de l'emploi il entend prendre ». Accrocheur, Jean-Patrick Courtois, qui est également maire de Mâcon, a posé une nouvelle question écrite (3/11/2005) où il « rappelle l'attention de Mme la ministre déléguée à la cohésion sociale et à la parité sur la question écrite n° 18760 du 14 juillet 2005 intitulée « Fonds de compensation de TVA et maisons de l'emploi » qui n'a pas obtenu réponse à ce jour ».
Jean-Patrick Courtois, sénateur